Ruồi đục trái là đối tượng kiểm dịch thực vật rất gắt gao khi xuất khẩu trái cây, rau màu…sang các nước khác. Ruồi đục trái có thể bộc phát mạnh, gây hại cho rất nhiều loại cây ăn trái và rau màu (nhóm cây ăn trái: Mận, Ổi, Táo, Vú sữa, Xoài, Thanh long, Mít, Măng cụt, Nhãn, Chuối, Đu đủ, Sa bô chê… Nhóm rau: Khổ qua, Dưa, Bầu bí, Cà chua, Ớt…).

Ở Úc có dịch ruồi đục quả đang bùng phát do đó nhiều nước tạm dừng không phải vì lý do an toàn thực phẩm mà là để bảo vệ cây trồng khỏi dịch bệnh, ruồi đẻ trứng vào trong quả, các con sâu non, nhộng vẫn ở trong quả khi xuất khẩu, chúng nở thành ruồi, con ruồi đó bay rồi lại đẻ trứng, lây lan. Ở Việt Nam, có ý kiến cho rằng các cơ quan nhà nước ứng rất nhanh khi tạm dừng nhập hoa quả Úc để chặn dịch ruồi đục quả nhưng lại buông lỏng hoa quả Trung Quốc, để hoa quả nhiễm độc tràn lan trên thị trường Việt Nam.